本片是以地球人与瓦肯人的“第一类接触”事务为布景，将重心放在《星际迷航之下一代》电视系列剧中的年夜敌『博格人』。企业号正在宇宙空间做例行巡航时，舰长皮卡特接到密电，称博格人已结合其他星系的气力，筹办向地球倡议进犯。因为舰长皮卡特曾受敌方俘虏并同化，星际舰队对其不很信赖，故没有派其出战。皮卡特掉臂号令，依然介入战役，以后企业号跟从博格人的时候旋涡回到21世纪，以反对博格人试图改变人类的外星成长史到达征服地球的诡计。

而穆里尼奥不会永远等待下去，他已经给出了一个最后期限：明年2月。